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行政事業單位轉讓房屋的納稅問題，由于行政事業單位享有特殊性的營業性功能，因此其轉讓房屋的納稅也有特殊性。根據《財政部價格司關于公布行政事業性收入地方稅征收情況的通知》，行政事業單位轉讓房屋應向稅務機關繳納個人所得稅。
具體來說，行政事業單位轉讓房屋時，一般來講，應向稅務機關繳納轉讓款之和（不含以現金補償的）的20％個人所得稅。如行政事業單位采用其他計稅方式，需要經成都稅務機關審批，審批通過后方可享受。
另外，納稅人把房屋轉讓給他人之前，必須先辦理好不動產登記，才能被認可和保護，否則一旦發生房屋的爭議或其他法律糾紛，可能會對稅務登記結果及其納稅結果產生影響。
總之，行政事業單位轉讓房屋一般情況應向稅務機關繳納轉讓款之和（不含以現金補償的）的20％個人所得稅，但也要根據具體情況，可比較另行繳納地方稅種的情況，作出實際分析對比，以求取更好的納稅結果。
拓展知識：從稅收的角度考慮，若行政事業單位有出租房屋的行為，出租收入應納稅，但出租收入的稅收征收要比轉讓房屋的轉讓款之和（不含以現金補償的）的20％個人所得稅要少，分兩種情況：
1.全年總租金少于房屋取得時所適用的房屋價款除6.5所得金額時，只需繳納租金收入所得稅即可。
2.全年總租金大于房屋取得時所適用的房屋價款除6.5所得金額時，需要繳納營業收入（不含租金收入）的企業所得稅和營業收入（包括租金收入）的租金收入所得稅兩部分。
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