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企業匯算清繳后，應當補繳企業所得稅和滯納金，其計算首先從匯算清繳實施前的應納稅所得額作為參照標準，計算企業應補繳的企業所得稅和滯納金。
一般來說，企業匯算清繳實施前，企業應繳稅款（稅種包括企業所得稅、印花稅、增值稅、消費稅及其他稅種），滯納金應按其當期納稅義務的確定，依據相應的稅法規定，按照規定的計算方法計算。
企業若因匯算清繳導致實際繳款金額低于應納稅所得額，則可補繳企業所得稅和滯納金。根據《企業所得稅法實施條例》第三十三條的規定，企業應當補繳的企業所得稅為：
（1）企業匯算清繳實施前應納稅所得額乘以當期的稅率；
（2）企業匯算清繳實施所發生額；
（3）企業在匯算清繳實施前，應納稅所得額減去匯算清繳實施后應納稅所得額的差額乘以當期的稅率。
另外，滯納金的計算以補繳稅款的日期作為計算基礎，滯納金的數額是按照應納稅款的5%計算，按照征管法律法規規定進行計算。
拓展知識：
匯算清繳與構成匯算清繳的若干稅種的稅收基礎可以獨立計算，即可以采取“擇優”核算的方法。這就是所謂的“擇優匯算清繳”。實施擇優匯算清繳的前提是，企業應在匯算清繳實施時確定實際繳款金額，并根據實際繳款金額以及匯算清繳實施前的應繳稅款，根據各稅種所約定的計算方法，單獨計算各稅種的稅收基礎，以便做出擇優的決策。
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