增量預算編制方法的缺陷是可能導致無效費用開支項目無法得到有效控制，因為不加分析地保留或接受原有的成本費用項目，可能使原來不合理的費用繼續開支而得不到控制，形成不必要開支合理化，造成預算上的浪費。