公司制企業的缺點：（1）組建公司的成本高。公司法對于設立公司的要求比設立獨資或合伙企業復雜，并且需要提交一系列法律文件，花費的時間較長。公司成立后，政府對其監管比較嚴格，需要定期提交各種報告。（2）存在代理問題。所有者和經營者分開以后，所有者成為委托人，經營者成為代理人，代理人可能為了自身利益而傷害委托人利益。（3）雙重課稅。