甲企業轉讓的不動產在“營改增”以前取得，所以甲企業可以選擇一般計稅方法或者簡易計稅方法計算繳納增值稅，選項A不正確；納稅人轉讓不動產應向不動產所在地主管稅務機關預繳稅款，向機構所在地主管稅務機關申報納稅，選項B正確；無論甲企業選擇一般計稅方法還是簡易計稅方法，甲企業需向B縣稅務機關預繳增值稅＝（3600－2500）÷（1＋5%）×5%＝52.38（萬元），選項C正確；如果甲企業選擇簡易計稅方法計稅，應向A縣主管稅務機關申報繳納增值稅＝（3600－2500）÷（1＋5%）×5%－52.38＝0（萬元），選項D不正確；如果甲企業對該項業務選擇一般計稅方法，應向A縣稅務機關申報繳納增值稅＝3600÷（1＋9%）×9%－52.38＝244.87（萬元），選項E 不正確。